如有错误请各位师长多多指正,具体更多可以去看raspa手册
以甲烷在MFI中的吸附为例:
SimulationType MonteCarlo
NumberOfCycles 25000
NumberOfInitializationCycles 2000
PrintEvery 1000
ContinueAfterCrash no
WriteBinaryRestartFileEvery 2000
Forcefield GarciaPerez2006
RemoveAtomNumberCodeFromLabel yes
Framework 0
FrameworkName MFI_SI
UnitCells 2 2 2
HeliumVoidFraction 0.29
ExternalTemperature 300.0
ExternalPressure 1e4 1e5
ComputeNumberOfMoleculesHistogram yes
WriteNumberOfMoleculesHistogramEvery 5000
NumberOfMoleculesHistogramSize 1100
NumberOfMoleculesRange 80
ComputeEnergyHistogram yes
WriteEnergyHistogramEvery 5000
EnergyHistogramSize 400
EnergyHistogramLowerLimit -110000
EnergyHistogramUpperLimit -20000
Component 0 MoleculeName methane
MoleculeDefinition TraPPE
TranslationProbability 0.5
ReinsertionProbability 0.5
SwapProbability 1.0
CreateNumberOfMolecules 0
介绍
SimulationType
这里选择的是蒙特卡洛模拟,也可选择分子动力学模拟等等。蒙特卡洛模拟简单来说,在一次模拟过程中就是:
(1)通过平移,旋转,插入,删除等操作随机产生原子坐标
(2)计算此结构对应的玻尔兹曼因子以及需要计算的性质,判断是否接受原子 坐标的改动,若拒绝则重复步骤(1);
(3)累加玻尔兹曼因子,累加玻尔兹曼因子和性质的乘积;
(4)重复步骤(1)(2)(3);
(5)当达到预设的步数后,计算所得性质的平均值。
NumberOfCycles
模拟步数
NumberOfInitializationCycles
初始平衡步数
PrintEvery
决定每隔多少次打印一步
Framework
指的是第几个结构
FrameworkName
结构名称
UnitCells
选择的晶胞大小,选择的晶胞大小应按照截断半径来选择
HeliumVoidFraction
通过氦气来度量的孔隙率,这个同样可以通过raspa来跑出来,如MOF-210的HeliumVoidFraction
SimulationType MonteCarlo
NumberOfCycles 500000
PrintEvery 100
PrintPropertiesEvery 100
Forcefield GenericMOFs
Framework 0
FrameworkName MOF-210-primitive
UnitCells 1 1 1
ExternalTemperature 298.0
Component 0 MoleculeName helium
MoleculeDefinition TraPPE
WidomProbability 1.0
CreateNumberOfMolecules 0
ExternalTemperature
温度
ExternalPressure
压力,我们可以选取一系列的压力,通过这些点做出吸附等温线找出其中的规律
MoleculeDefinition
一般来说使用Trappe。
Comments 10 条评论
博主 luna
是的,我学不会
博主 kkivg
@luna 不,你必须得会
博主 Luna
下班万岁!!!
博主 ybz
感谢!!
博主 kkivg
test
博主 蒙面黑猫
闪现!
博主 蒙面黑猫
所以什么时候干活啦!(叉腰
博主 桃子先生
作者你好。我想问下那个Trappe 文件可以在哪里下载到,万分感激!!
博主 桃子先生
作者你好,我也是在MOF材料的CO2吸附计算,可以文下MoleculeDefinition TraPPE文件可以在哪里写在吗?
博主 蒙面黑猫
再度闪现!(背景怎么变黑灰了嘛