如有错误请各位师长多多指正,具体更多可以去看raspa手册

以甲烷在MFI中的吸附为例

SimulationType MonteCarloNumberOfCycles 25000NumberOfInitializationCycles 2000PrintEvery 1000 ContinueAfterCrash noWriteBinaryRestartFileEvery 2000 Forcefield GarciaPerez2006RemoveAtomNumberCodeFromLabel yes Framework 0FrameworkName MFI_SIUnitCells 2 2 2HeliumVoidFraction 0.29ExternalTemperature 300.0ExternalPressure 1e4 1e5 ComputeNumberOfMoleculesHistogram yesWriteNumberOfMoleculesHistogramEvery 5000NumberOfMoleculesHistogramSize 1100NumberOfMoleculesRange 80 ComputeEnergyHistogram yesWriteEnergyHistogramEvery 5000EnergyHistogramSize 400EnergyHistogramLowerLimit -110000EnergyHistogramUpperLimit -20000 Component 0 MoleculeName methaneMoleculeDefinition TraPPETranslationProbability 0.5ReinsertionProbability 0.5SwapProbability 1.0CreateNumberOfMolecules 0

介绍

SimulationType

这里选择的是蒙特卡洛模拟,也可选择分子动力学模拟等等。蒙特卡洛模拟简单来说,在一次模拟过程中就是:

(1)通过平移,旋转,插入,删除等操作随机产生原子坐标

(2)计算此结构对应的玻尔兹曼因子以及需要计算的性质,判断是否接受原子 坐标的改动,若拒绝则重复步骤(1);

(3)累加玻尔兹曼因子,累加玻尔兹曼因子和性质的乘积;

(4)重复步骤(1)(2)(3);

(5)当达到预设的步数后,计算所得性质的平均值。

NumberOfCycles

模拟步数

NumberOfInitializationCycles

初始平衡步数

PrintEvery

决定每隔多少次打印一步

Framework

指的是第几个结构

FrameworkName

结构名称

UnitCells

选择的晶胞大小,选择的晶胞大小应按照截断半径来选择

HeliumVoidFraction

通过氦气来度量的孔隙率,这个同样可以通过raspa来跑出来,如MOF-210的HeliumVoidFraction

SimulationType MonteCarloNumberOfCycles 500000PrintEvery 100PrintPropertiesEvery 100 Forcefield GenericMOFs Framework 0FrameworkName MOF-210-primitiveUnitCells 1 1 1ExternalTemperature 298.0 Component 0 MoleculeName heliumMoleculeDefinition TraPPEWidomProbability 1.0CreateNumberOfMolecules 0

ExternalTemperature

温度

ExternalPressure

压力,我们可以选取一系列的压力,通过这些点做出吸附等温线找出其中的规律

MoleculeDefinition

一般来说使用Trappe。