如有错误请各位师长多多指正,具体更多可以去看raspa手册
以甲烷在MFI中的吸附为例:
SimulationType MonteCarloNumberOfCycles 25000NumberOfInitializationCycles 2000PrintEvery 1000ContinueAfterCrash noWriteBinaryRestartFileEvery 2000Forcefield GarciaPerez2006RemoveAtomNumberCodeFromLabel yesFramework 0FrameworkName MFI_SIUnitCells 2 2 2HeliumVoidFraction 0.29ExternalTemperature 300.0ExternalPressure 1e4 1e5ComputeNumberOfMoleculesHistogram yesWriteNumberOfMoleculesHistogramEvery 5000NumberOfMoleculesHistogramSize 1100NumberOfMoleculesRange 80ComputeEnergyHistogram yesWriteEnergyHistogramEvery 5000EnergyHistogramSize 400EnergyHistogramLowerLimit -110000EnergyHistogramUpperLimit -20000Component 0 MoleculeName methaneMoleculeDefinition TraPPETranslationProbability 0.5ReinsertionProbability 0.5SwapProbability 1.0CreateNumberOfMolecules 0
介绍
SimulationType
这里选择的是蒙特卡洛模拟,也可选择分子动力学模拟等等。蒙特卡洛模拟简单来说,在一次模拟过程中就是:
(1)通过平移,旋转,插入,删除等操作随机产生原子坐标
(2)计算此结构对应的玻尔兹曼因子以及需要计算的性质,判断是否接受原子 坐标的改动,若拒绝则重复步骤(1);
(3)累加玻尔兹曼因子,累加玻尔兹曼因子和性质的乘积;
(4)重复步骤(1)(2)(3);
(5)当达到预设的步数后,计算所得性质的平均值。
NumberOfCycles
模拟步数
NumberOfInitializationCycles
初始平衡步数
PrintEvery
决定每隔多少次打印一步
Framework
指的是第几个结构
FrameworkName
结构名称
UnitCells
选择的晶胞大小,选择的晶胞大小应按照截断半径来选择
HeliumVoidFraction
通过氦气来度量的孔隙率,这个同样可以通过raspa来跑出来,如MOF-210的HeliumVoidFraction
SimulationType MonteCarloNumberOfCycles 500000PrintEvery 100PrintPropertiesEvery 100Forcefield GenericMOFsFramework 0FrameworkName MOF-210-primitiveUnitCells 1 1 1ExternalTemperature 298.0Component 0 MoleculeName heliumMoleculeDefinition TraPPEWidomProbability 1.0CreateNumberOfMolecules 0
ExternalTemperature
温度
ExternalPressure
压力,我们可以选取一系列的压力,通过这些点做出吸附等温线找出其中的规律
MoleculeDefinition
一般来说使用Trappe。
Comments 3 条评论
感谢!!
作者你好。我想问下那个Trappe 文件可以在哪里下载到,万分感激!!
作者你好,我也是在MOF材料的CO2吸附计算,可以文下MoleculeDefinition TraPPE文件可以在哪里写在吗?